Magnesy nadprzewodzące powstają w oparciu o zjawisko polegające na tym, że opór materiałów nadprzewodzących maleje do zera w określonej temperaturze. Są one zwykle wykonane ze stopu niobu i tytanu i chłodzone ciekłym helem (4,2 K). Gdy prąd przepływa przez cewkę magnesu, po wytworzeniu pola magnetycznego należy odłączyć zasilanie, aby utworzyć stabilne i jednolite pole magnetyczne. Magnes utrzymuje temperaturę cewki poniżej temperatury krytycznej poprzez czynnik chłodniczy i nie jest potrzebne dodatkowe zasilanie.

Magnesy nadprzewodzące mogą wytwarzać większe natężenie pola magnetycznego, lepszą stabilność pola magnetycznego i jednorodność pola magnetycznego. Oznacza to lepszą jakość obrazu, lepszy stosunek sygnału do szumu, kontrast i rozdzielczość oraz większą prędkość obrazowania.

Konwencjonalne magnesy nadprzewodzące mają na ogół konstrukcję w kształcie beczki, która jest podatna na potencjalną „klaustrofobię” i nie sprzyja operacjom lekarzy ani obserwacji objawów zwierząt domowych w znieczuleniu. Ponadto, ponieważ konwencjonalny magnes nadprzewodzący ma większe rozproszone pole magnetyczne, wymagana jest większa powierzchnia do zainstalowania urządzenia.